La Catedral de Nuestra Señora de las Mercedes, Monumento Histórico Nacional, está ubicada frente a la plaza principal. Se terminó de construir en 1867 según diseño del arquitecto Antonio Petrocchi; aunque recién a comienzos del siglo XX se erigieron las dos torres que luce en la actualidad.

La antigua Capilla, que había sido inaugurada en 1790 por Manuel Antonio De Castro y Careaga no soportó el paso del tiempo dando lugar a una nueva  construcción. En 1867 se instalaron las dos campanas, que pesan unos 250 kilos cada una.

Es una de las catedrales más destacadas de Uruguay y su fachada de orden corintio da un aspecto señorial al centro tradicional de Mercedes. De la Catedral de Mercedes parte todos los años en setiembre una procesión de la Virgen María.