El puerto de Paysandú es un lugar de gran importancia para la historia del Departamento, no sólo porque es uno de los primeros construidos en el país y el primero de ultramar que existió en el litoral del río Uruguay, sino porque fue un verdadero motor de desarrollo para la región y su gente.

Fue declarado puerto nacional el 11 de julio del año 1829. El edificio más antiguo del puerto sirvió de asiento al que fue construido en 1865 y es ocupado actualmente por la Prefectura de Puertos y la Dirección de Aduanas.

En el año 1915, el 8 de setiembre con la presencia del entonces presidente de la República Don Feliciano Viera, se colocó la piedra fundamental del puerto, proyecto del Ing. Felix A. Bruno y de la obra se hizo cargo la empresa francesa J. y J. Hersent. Posteriormente en el año 1928 se realizaron obras de ampliación.